<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<rss version="2.0"
	xmlns:content="http://purl.org/rss/1.0/modules/content/"
	xmlns:wfw="http://wellformedweb.org/CommentAPI/"
	xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"
	xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom"
	xmlns:sy="http://purl.org/rss/1.0/modules/syndication/"
	xmlns:slash="http://purl.org/rss/1.0/modules/slash/"
	>

<channel>
	<title>serkan &#187; biyoinformatik</title>
	<atom:link href="http://serkan.gen.tr/kategori/biyoteknoloji/biyoinformatik/feed" rel="self" type="application/rss+xml" />
	<link>http://serkan.gen.tr</link>
	<description>her kelebek bir süre tırtıl olarak yaşar</description>
	<lastBuildDate>Thu, 06 Oct 2011 12:14:10 +0000</lastBuildDate>
	<language>en</language>
	<sy:updatePeriod>hourly</sy:updatePeriod>
	<sy:updateFrequency>1</sy:updateFrequency>
	<generator>http://wordpress.org/?v=3.3</generator>
		<item>
		<title>AG Biyoinformatik&#8217;de Stajım Bitti</title>
		<link>http://serkan.gen.tr/aug/202</link>
		<comments>http://serkan.gen.tr/aug/202#comments</comments>
		<pubDate>Mon, 23 Feb 2009 17:27:31 +0000</pubDate>
		<dc:creator>serkan</dc:creator>
				<category><![CDATA[AG Biyoinformatik]]></category>
		<category><![CDATA[Ankara]]></category>
		<category><![CDATA[Bilkent]]></category>
		<category><![CDATA[biyoinformatik]]></category>
		<category><![CDATA[biyoteknoloji]]></category>
		<category><![CDATA[staj]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://serkan.gen.tr/aug/202</guid>
		<description><![CDATA[Daha önce de bahsettiğim gibi yirmi günlüğüne AG Biyoinformatik&#8216;de staj yapmak üzere Ankara&#8217;daydım. Gerçi halen Ankara&#8217;dayım birazdan yola çıkacağım. Esenboğa&#8217;da beklerken kısaca ne kadar güzel bit tatil yaptığımdan bahsedeyim dedim. Evet aslında staja geldim ama burada çok eğlendiğim bir işle, eğlenceli kimselerle birlikte çalışınca ve bir yandan da Ankara&#8217;da gezmek için bolca vakit bulunca yaptığımı [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p><a href="http://serkan.gen.tr/aug/198">Daha önce de bahsettiğim gibi</a> yirmi günlüğüne <a href="http://www.agbiyoinformatik.com/">AG Biyoinformatik</a>&#8216;de staj yapmak üzere Ankara&#8217;daydım. Gerçi halen Ankara&#8217;dayım birazdan yola çıkacağım. Esenboğa&#8217;da beklerken kısaca ne kadar güzel bit <em>tatil</em> yaptığımdan bahsedeyim dedim. Evet aslında staja geldim ama burada çok eğlendiğim bir işle, eğlenceli kimselerle birlikte çalışınca ve bir yandan da Ankara&#8217;da gezmek için bolca vakit bulunca yaptığımı sadece <strong>iş</strong> saymak biraz eksik olur. Tatil gibi stajdı yani. Herkese de tavsiye ederim.</p>
<p>Ben buradayken staj konumla ilgili olarak benimle ilgilenen Ahmet Raşit Öztürk ve Deniz Ashan Madencioğlu&#8217;na buradan tekrar kalıcı olarak teşekkür etmek istiyorum. Geçirdiğim vaktin bir işkence değil de eğlence olmasının temel sebebi onlar zaten. Çok fazla münasebetimiz olmadı ama özellikle stajımın sonunda sunumumu izlemek için bana zaman ayıran Bala Gür-Dedeoğlu ve sunumumla birlikte ille de Linux isterim kaprisime katlanan Ozan Yerli&#8217;ye de teşekkür ederim.</p>
<p>Tabi yaşadığım şehirden kalkıp Ankara&#8217;ya gelmek öyle kendi başıma kafama esti diye halledebileceğim bir şey değildi. Bu konuda gerekli ekonomik imkanı sağlayan ve burada konaklayacak bir yer bulan aileme de teşekkür ederim. Burada Gölbaşı&#8217;nda benim daha önceden tanışma fırsatı bulamadığım annemin teyzesinde kaldım ki konaklama ve ulaşım konusunda arada gelmek bilmediği için sinir eden Bilkent dolmuşları dışında hiç sorun olmadı. Burada benim derdimi çeken kimselere de teşekkürü bir borç birim.</p>
<p>Unutmadan şuan Esenboğa&#8217;daki GloriaJeans Coffees&#8217;den yazıyorum. Onlara da Cappuccino ve kablosuz internet için teşekkür ederim.</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://serkan.gen.tr/aug/202/feed</wfw:commentRss>
		<slash:comments>6</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>AG Biyoinformatik&#8217;de Staj</title>
		<link>http://serkan.gen.tr/aug/198</link>
		<comments>http://serkan.gen.tr/aug/198#comments</comments>
		<pubDate>Sat, 31 Jan 2009 22:23:44 +0000</pubDate>
		<dc:creator>serkan</dc:creator>
				<category><![CDATA[AG Biyoinformatik]]></category>
		<category><![CDATA[biyoinformatik]]></category>
		<category><![CDATA[biyoteknoloji]]></category>
		<category><![CDATA[staj]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://serkan.gen.tr/aug/198</guid>
		<description><![CDATA[Yarın (2 Şubat&#8217;ta) sabah AG Biyoinformatik&#8216;deki stajım için Ankara&#8217;ya gidiyorum. Olağan şekilde devam ederse 20 gün sürecek. İlk defa gerçekten istediğim alan üstüne bir çalışma fırsatı buluyorum. Umarım doğru bir şekilde değerlendirebilirim. Bu süreçte muhtemelen burada yazmak için fırsatım olmaz. Boş zamanım olursa her fırsatta gezmeyi düşünüyorum. :)]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>Yarın (2 Şubat&#8217;ta) sabah <a href="http://www.agbiyoinformatik.com/">AG Biyoinformatik</a>&#8216;deki stajım için Ankara&#8217;ya gidiyorum. Olağan şekilde devam ederse 20 gün sürecek. İlk defa gerçekten istediğim alan üstüne bir çalışma fırsatı buluyorum. Umarım doğru bir şekilde değerlendirebilirim.</p>
<p>Bu süreçte muhtemelen burada yazmak için fırsatım olmaz. Boş zamanım olursa her fırsatta gezmeyi düşünüyorum. :)</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://serkan.gen.tr/aug/198/feed</wfw:commentRss>
		<slash:comments>6</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Teşekkürler Sun</title>
		<link>http://serkan.gen.tr/aug/65</link>
		<comments>http://serkan.gen.tr/aug/65#comments</comments>
		<pubDate>Thu, 23 Aug 2007 12:26:12 +0000</pubDate>
		<dc:creator>serkan</dc:creator>
				<category><![CDATA[biyoinformatik]]></category>
		<category><![CDATA[biyoteknoloji]]></category>
		<category><![CDATA[Linux Gezegeni]]></category>
		<category><![CDATA[sinir bozucu]]></category>
		<category><![CDATA[Türkiye]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://serkan.gen.tr/aug/65</guid>
		<description><![CDATA[Pozitif PC okurken aklıma gelen yüksek performansa dayalı analizleri bir sunucu çiftliği ile ya da Sun gibi bir sağlayıcıdan hizmet alarak gerçekleştirme fikrim, teknoloji dünyasına katkılarını bizden esirgeyen Sun sayesinde suya düşmek ve düşmemek arasında gidip gelmeye başladı. Sun&#8217;ın network.com ile sağladığı hizmet, elinizdeki bilgisayarda günler alacak uygulamaları dev sunucu çiftliklerinde gerçekleştirip kısacık sürede sonuca [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p><a href="http://pozitifpc.com/edergi">Pozitif PC</a> okurken aklıma gelen yüksek performansa dayalı analizleri bir sunucu çiftliği ile ya da Sun gibi bir sağlayıcıdan hizmet alarak gerçekleştirme fikrim, teknoloji dünyasına katkılarını bizden esirgeyen <a href="http://www.sun.com/">Sun</a> sayesinde suya düşmek ve düşmemek arasında gidip gelmeye başladı.</p>
<p>Sun&#8217;ın <a href="http://www.network.com">network.com</a> ile sağladığı hizmet, elinizdeki bilgisayarda günler alacak uygulamaları dev sunucu çiftliklerinde gerçekleştirip kısacık sürede sonuca ulaşmanızı sağlamaktan ibaret. Life Sciences başlığı altında beklenen kemo-biyoinformatik uygulamaları zaten mevcut ki bir de Türkiye&#8217;de hizmet verse tadından yenmeyecek. API bile hazırlamışlar.</p>
<p>Hizmetin verildiği ülkelerden biri Türkiye olmayınca akla tek seçenek geliyor. Altyapı için elinizi cebe atıp kendi sunucu çitliğinizi kurabilirsiniz. Tabi Sun gibi işlemci saatini 1$&#8217;a getirmeyi de rüyanızda görürsünüz. Siz sunucu çiftliğinizi kurdunuz diyelim. Ertesi gün Sun Türkiye&#8217;de hizmet vermeye başlar ve çöpe atarsınız bilgisayarları&#8230;</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://serkan.gen.tr/aug/65/feed</wfw:commentRss>
		<slash:comments>1</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Linux Gezegeni</title>
		<link>http://serkan.gen.tr/aug/43</link>
		<comments>http://serkan.gen.tr/aug/43#comments</comments>
		<pubDate>Mon, 16 Jul 2007 11:12:10 +0000</pubDate>
		<dc:creator>serkan</dc:creator>
				<category><![CDATA[biyoinformatik]]></category>
		<category><![CDATA[GNU/Linux]]></category>
		<category><![CDATA[Linux Gezegeni]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://serkan.gen.tr/aug/43</guid>
		<description><![CDATA[Çok uzun süredir takip ettiğim Linux Gezegeni&#8216;ne bugün başvurmayı planlıyorum. Bugüne kadar GNU/Linux ile ilgi sadece 4-5 yazı yazmışım ve neredeyse hepsinin bir gezegen için çok uzun olduğunu fark ettim. Eğer kabul edilsem bile gezegeni çok fazla rahatsız etmeyeceğimi tahmin ediyor olsam da çok özel bir etiket ayırmaya karar verdim ve adını &#8220;Linux Gezegeni&#8221; koydum. [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>Çok uzun süredir takip ettiğim <a href="http://gezegen.linux.org.tr/">Linux Gezegeni</a>&#8216;ne bugün başvurmayı planlıyorum. Bugüne kadar GNU/Linux ile ilgi sadece 4-5 yazı yazmışım ve neredeyse hepsinin bir gezegen için çok uzun olduğunu fark ettim. Eğer kabul edilsem bile gezegeni çok fazla rahatsız etmeyeceğimi tahmin ediyor olsam da çok özel bir etiket ayırmaya karar verdim ve adını &#8220;Linux Gezegeni&#8221; koydum. Bu yazı da o etiketle yayınlanacaklardan ilki.</p>
<p>Tabi işin ucunda reddedilmek de var ama işletim sistemi olarak sadece GNU/Linux&#8217;u seçmiş birinin eğreti kalmayacağına inanıyorum. En yakın zamanda henüz bloğumda değinme fırsatı bulamadığım GNU/Linux &#8211; <a href="http://www.open-bio.org/wiki/Main_Page">Açık Biyoinformatik</a> ilişkisi üstüne gezegeni meşgul edebilmek dileğiyle&#8230;</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://serkan.gen.tr/aug/43/feed</wfw:commentRss>
		<slash:comments>3</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>Entomopatojenler ve Mikrobiyal Mücadele</title>
		<link>http://serkan.gen.tr/aug/31</link>
		<comments>http://serkan.gen.tr/aug/31#comments</comments>
		<pubDate>Mon, 25 Jun 2007 09:19:20 +0000</pubDate>
		<dc:creator>serkan</dc:creator>
				<category><![CDATA[biyoinformatik]]></category>
		<category><![CDATA[biyoteknoloji]]></category>
		<category><![CDATA[entomopatojen]]></category>
		<category><![CDATA[Etkinlik]]></category>
		<category><![CDATA[KTÜ]]></category>
		<category><![CDATA[mikrobiyal mücadele]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://serkan.gen.tr/aug/31</guid>
		<description><![CDATA[21-24 Haziran 2007 tarihlerinde Türkiye&#8217;nin ilk Entomopatojenler ve Mikrobiyal Mücadele Sempozyumu bizim (Biyoloji Kulübü&#8217;nün) de sponsorluğumuzda gerçekleşti. Bu alandaki dünyanın neredeyse tüm ileri gelenlerinin katıldığı etkinlikte, yayınladığı makale sayısı ile beni hayretler içinde bırakan Society of Invertebrate Pathology&#8217;ın başkanı Just Vlak&#8217;dan biyoinformatik çalışma yapıp ilgi odağım olmayı başarmış Moleküler Virolog Basil M. Arif&#8217;e kadar pek [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>21-24 Haziran 2007 tarihlerinde Türkiye&#8217;nin ilk Entomopatojenler ve Mikrobiyal Mücadele Sempozyumu bizim (Biyoloji Kulübü&#8217;nün) de sponsorluğumuzda gerçekleşti. Bu alandaki dünyanın neredeyse tüm ileri gelenlerinin katıldığı etkinlikte, yayınladığı makale sayısı ile beni hayretler içinde bırakan Society of Invertebrate Pathology&#8217;ın başkanı Just Vlak&#8217;dan biyoinformatik çalışma yapıp ilgi odağım olmayı başarmış Moleküler Virolog Basil M. Arif&#8217;e kadar pek çok kişiyi dinleme fırsatımız oldu. Tabi birkaç da fotoğraf çektirmeyi ihmal etmedik.</p>
<p>Benim alanıma girmeyen bir konuya sahip olsa bile böyle bir organizasyonda görev almış olmak öncelikle bilimsel arenada çalışırken ve yayın yaparken en çok nelere dikkat etmem gerektiği konusunda çok şey öğrenmeme fırsat tanıdı. Bunların en unutulmaması gerekeni de bir konuda üstat olmadan, otoritelere danışmadan metodolojiye yönelik farklı yaklaşımlarda bulunmamak gerekti ve buluşçusunun ismi ile anılan deneyleri Türkçeleştirmemenin önemi.</p>
<p style="margin-bottom: 0cm">Sabır sınırlarımızı zorlayan <em>Bacillus thuringiensis</em> seansları bir organizmanın nelere kadir olabileceğini zihnimize çivilerken, ekosistemdeki işlevi üstüne hiç kafa yormadığım nematodlar, neredeyse tüm akademik planlarımı değiştirmemi ve onlarla ilgilenmemi bekliyordu. Tabi böyle bir şey olmayacak ama Selçuk Hazır ve Harry K. Kaya&#8217;nın sunumları unutulması en zor olanlardan. Her şeyin yanında işi Türkiye ve dünya üstatlarından dinlemek bir başka tabi&#8230;</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal"><em>Bacillus thuringiensis </em><span style="font-style: normal">ile ilgili oturumun çok sıkıcı geçtiğini düşünsem de yine aynı organizmayla igili Meriç Kumbaşlı&#8217;nın sunumunun ufak bir istisna olduğunu söylememek haksızlık olur. Bitki koruyuculuğu konusunda herkes altı bacaklıların zararından bahsederken o, iki bacaklı istilasını hatırlattığı için tebrik etmek isterdim ama fırsat olmadı.</span></p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal">Genel olarak sunumların ardından soru sorma ortalamamızın çok düşük olduğunu fark etmek aslında benim için ciddi bir hayal kırıklığına sebep oldu. Ancak bizi bir kenara bırakarak baktığımızda yabancı (hepsi Profesor) konuklarımız anlaşılan çok az şey biliyorlar ki neredeyse tüm İngilizce (hatta bazen Türkçe) sunumlarda anlatıcıyı köşeye sıkıştıracak kadar ısrarcı oldular bir şeyler sorma konusunda. Belli ki bizimkiler her şeyi yabancı üstatlardan çok daha iyi biliyorlar.</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal">Ayrıca farklı bir nokta var ki kafama takılanlar arasında en hoş olmayanlarından. KTÜ dışından gelen Türk katılımcılar sunumlarını İngilizce yapma hakları olduğunu önceden bilmediklerini ve eğer fırsat olsaydı hiç olmazsa slaytlarını İngilizce hazırlama yolunu seçeneklerini söylediler. Bu kadar mı acizmiş Türk bilim adamları anlayamadım. Eğer yaptığınız çalışmanın konunun uzmanı tarafından yorumlanmasını istiyorsan bir dergide yayınlarsın olur biter. Elbette o kişiler senin yazını okuyacaktırlar. Yok eğer arada kaynama korkun varsa bir çıktı alıp eline tutuşturmak ya da dünyanın öteki ucunda bile olsa elektronik yolla fikrini almak çok mu zor?</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal">Mesela benim yaptığımı yapabilirler, giderler hocanın yanına sorarlar fikri ne diye. İlginç anlarınız da olur hem o zaman. Siz dersiniz “hocam biyoinformatik ile ilgili ne konuda çalışmayı tavsiye ederdiniz bir lisans öğrencisine”. O da direk “tavsiye ederim, biyoinformatik en güzelidir ben de onunla çalışıyorum” der. Sonra siz “iyi de hocam biyoinformatik ile bir konu üstüne eğilmek gerek o açıdan sordum” diye üstelersiniz en kesin cevabı alırsınız. Moleküler Mikrobiyoloji&#8217;den fazlasına ihtiyacınız yoktur meğersem. İyi ki o heyecanla “İyi ama ben zoolog olacaktım dememişim. :)”</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal">Ayrıca aynı konuda çalışan yerli ve yabancı araştırıcılar arasında ilgilendikleri metot çeşitliliği açısından da bir karşılaştırma yapmak isterdim ama bu daldaki bilgimin darlığını göz önünde bulundurarak çok fazla bir şey söyleyemeyeceğim. Tabi ki böyle durumlarda kesinlikle araştırıcıları suçlar bir tavır sergileyemem. Her şey elde edilen imkanlar sayesinde oluyor. Ama bazen üzülüyor işte insan&#8230;</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal">Muhtemelen bugüne kadar biyoloji için yaptığım gönüllü etkinliklerin sonuna gelmiş bulunuyorum. İlk iki yılda üç çok büyük organizasyonda kimi zaman yüksek kimi zaman düşük etkinlik göstererek işin başarı ile sonuçlanmasına katkıda bulundum. Artık bundan sadece basit bir katılımcı olmak istiyorum. İnşallah gerçekleşirse 3. Moleküler Biyoteknoloji Bahar Okulu&#8217;nda ya da Trabzon&#8217;da düzenlenecek olan Ulusal Biyoloji Kongresi&#8217;nde tüm araştırıcı biyologlarla görüşmek dileğiyle.</p>
<p style="margin-bottom: 0cm; font-style: normal">Unutmadan eklemeliyim ilki KTÜ&#8217;de gerçekleşen Entomopatojenler ve Mikrobiyal Mücadele Sempozyumu&#8217;nun ikincisi 2009&#8242;da Adnan Menderes Üniversitesi&#8217;nde Doç.Dr. Selçuk Hazır hocamızın düzenleyiciliğinde gerçekleştirilecek. Muhtemelen akademik ilgi alanıma girmeyeceği için orada olmayacağım ama bu konuda çalışmaları olan araştırmacıların dört yıl sonra Aydın&#8217;da çok iyi ağırlanacağına eminim.</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://serkan.gen.tr/aug/31/feed</wfw:commentRss>
		<slash:comments>4</slash:comments>
		</item>
		<item>
		<title>2.Moleküler Biyoteknoloji Bahar Okulu</title>
		<link>http://serkan.gen.tr/aug/27</link>
		<comments>http://serkan.gen.tr/aug/27#comments</comments>
		<pubDate>Mon, 28 May 2007 17:34:25 +0000</pubDate>
		<dc:creator>serkan</dc:creator>
				<category><![CDATA[biyoinformatik]]></category>
		<category><![CDATA[biyoteknoloji]]></category>
		<category><![CDATA[Etkinlik]]></category>
		<category><![CDATA[KTÜ]]></category>

		<guid isPermaLink="false">http://serkan.gen.tr/aug/27</guid>
		<description><![CDATA[Birkaç arkadaşımın bana verdiği en iyi hediye diyebileceğim bir etkinlik daha sona erdi. Daha önce de söylediğim gibi en az çalışan düzenleme kurulu üyesi olarak neredeyse bir katılımcı gibi takip ettim tüm organizasyonu. Ama hiç şüphe yok ki en fazla faydayı ben sağladım. Anlaşılan yine mum dibine ışık vermedi. Elbet hepsi takdir edildi. Hatta takdir [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p>Birkaç arkadaşımın bana verdiği en iyi hediye diyebileceğim bir etkinlik daha sona erdi. Daha önce de söylediğim gibi en az çalışan düzenleme kurulu üyesi olarak neredeyse bir katılımcı gibi takip ettim tüm organizasyonu. Ama hiç şüphe yok ki en fazla faydayı ben sağladım. Anlaşılan yine mum dibine ışık vermedi. Elbet hepsi takdir edildi. Hatta takdir edilmediklerinde unutulduklarını sandılar. Ana en güzeli <a href="http://serkan.gen.tr/aug/26">yer yer</a> takdir edilmemenin nede kötü bir durum olduğunu hissedebildiler.</p>
<p>Peki neler oldu bahar okulunda? Bu güne kadar sadece internet sayfalarında karşılaşabildiğim biyoinformatiği Özlen hoca&#8217;nın sunumu sayesinde araştırmacısından dinleme imkanım oldu. Hatta kendisi ile konuşma fırsatı sağlayabildiğim için, normalin üstünde bir şansa sahip olduğum kanısındayım.</p>
<p>Ne için olursa olsun miroçip teknolojisine merakım biraz daha perçinlendi ve üzerine gidebilmek için her şeyden vazgeçebileceğim daha da  çok ortaya çıktı. Geleneksel yolları belkide hiç bulaşmadan teğet geçme fırsatım olursa ne ala.</p>
<p>Özlen hoca dışında çok fazla önemsediğim bir diğer karşılaşma da müstakbel meslektaşım Naşit ile olan. Daha önce çok kısa bir e-posta alışverişi dışında pek iletişim kuramamıştık ama aynı ana bilim dalında çok yakın konularda çalışma yaptığımız ortaya çıktı. İnşallah onun daha güzel kelimelerde ifade ettiği ve benim burada öylesine açık seçik bir şekilde söyleyemediğim gibi. <em><strong>Umarız birilerinin yapmadığı gibi, biz ortak bir şeyler çıkarabiliriz</strong></em>.</p>
<p>Çok mu hayalperestim bilmiyorum? Bugün ancak rüya sayılabilen bir çalışmanın gerçek olabileceğini düşünmezsem nasıl yeni bir şeyler yapmış olacağım?</p>
]]></content:encoded>
			<wfw:commentRss>http://serkan.gen.tr/aug/27/feed</wfw:commentRss>
		<slash:comments>0</slash:comments>
		</item>
	</channel>
</rss>

