Tem
18
    
Posted (serkan) in Türkiye, biyoteknoloji, entomopatojen, mikrobiyal mücadele on Temmuz-18-2010

11-15 Temmuz’da Uluslararası İnvertebrat Patoloji (Society for Invertebrate Patology) kongresi için dünyanın dört bir yanından misafirleri Trabzon’da ağırladık. Kongrenin ilk günü Eric Lyons’un Biyoinformatik Workshop‘u olduğu için kongrede gönüllü olarak çalışmam istendiğinde memnuniyetle kabul ettim. Zaten kongrenin kayıt sistemini hazırladığım için gidişattan ve ne gibi bir kongre olacağından çoktan beri haberim vardı.

Bu seferki kongre sayesinde tanıştığım kimseler sayesinde çok sıkı muhabbet etme fırsatı bulduğum ve yaşadıkları şehirlere yolum düşerse mutlaka uğramak isteyeceğim ve muhtemelen elektronik olarak iletişim kurmayı sürdüreceğim Brezilya’lı, Polonla’yı, Alman, Iran’lı ve İtalyan her yaştan tandıklarım oldu.

Özellikle Brezilya’lı çift Marlinda ve Marco muhtemelen yıllar sonra bile unutmayacağım kimseler. Bunun yanında ben asla adını söyleyemesem de soyadını ilk ismiymiş gibi kullanarak hitap ettiğim Stephan benim adımı tam olarak söyleyebilen tek yabancı oldu. Sanırım bir Alman olmasından ve belki de Almanca’nın seslerinin bizimkilere benziyor olmasından kaynaklanıyordur.

Bir intervebrat patolog olmadığımdan ve sadece bir görevli olarak katıldığımdan kongrenin bilimsel içeriğinden ne yazık ki bahsedemiyorum. Ancak buna rağmen çok şey kazandığımı ve katılmış olmaktan dolayı mutlu olduğumu belirtmeden geçemiyorum.


 
Ağu
19
    
Posted (serkan) in biyoteknoloji, evrim, eğitim, sansür, sinir bozucu on Ağustos-19-2009

Harry Potter seyreden veya okuyanlar bilirler. Öyküdeki bir karakterden özel bir sebepten dolayı asla ismi ile bahsedilemez. Herkes “kim olduğunu bilirsin sen” der söz konusu kişi o olduğunda. Öyle ortalık yerde de bahsedemezler. İşte bizim evrim konusu da buna dönmüş yeni uyanıyorum.

Belgeseller hakkında seri yazılarıma kısa bir ara veriyorum. Bir an irkilip kendime gelmemi sağlayan bir yazı okudum birkaç saat önce. Hep diyordum acaba ben neden hiç şu konudan bahsetmiyorum diye.

Bu yazıyı okumaya devam etmeden önce DoğaTarihi.net’deki şu yazıyı okumanızı tavsiye ederim. Hatta burada yazdığım o yazının altına eklediğim yorumun biraz genişçesi o kadar.

Az önce burada neden daha önce evrimden bahsetmediğimi kendi kendime sordum. Bir kaç kere çok yaklaştığımı ama geri döndüğümü hatırladım.

Baştan belirteyim evrim konusunda belirmiş toplumdaki hiç bir kutuplaşmanın taraftarı değilim. Ne evrim karşıtıyım ne de evrim yandaşıyım. Hatta evrim denen konunun kutuplaşmaya sebep olmasını hayretler içinde seyretmekte olan saf (aptalca) bir bakış açısına sahibim.

Neden yazmadığımın sebebini bulmak zor olmadı. Çok emin olmadığım konularda hiç bir şey yazmıyorum. Yarım yamalak bilgiyle yazmak bir kenara dursun konuşmayı bile sevmem. Evrim hakkında yazmamış olma sebebim de budur.

Dört yıldır lisans düzeydinde biyoloji eğitimi alıyorum. Okulun en devamlı öğrencilerinden biri oldum bu süreç içerisinde evrim hakkında hiç birşey bilmiyorum. Bu biraz saçma değil mi? Hatta sıradan bir öğrencinin yapacaklarına ek olarak bir hayvan sistematiği araştırma laboratuvarında üç buçuk yıl deney yapmış ve pek çok çalışmayı izlemişliğim var. Buna rağmen sistematik biliminin de temeli olan evrim hakkında söz söyleyecek ya da en azından bir fikir sahibi olacak kadar dahi kendime güvenmiyorum. Burada ciddi bir sorun yok mu?

Evet var çok büyük oranda sorumlu kişi benim. Öğrenmeliydim. Hiç kimsenin bana öğretmesini beklememeliydim. Hele hele elimin altında onca kitap ve Evrimi Anlamak Projesi gibi rehberler varken öğrenmeliydim. Bu benim ayıbım. Amaaa bir bakalım sadece benim sorunum mu?

Lisans sırasındaki dersler boyunca evrim denen şeyden eğer sadece iki kere bahsedilmişse burada bir sorun var demektir. İnsanlar inansınlar ya da inanmasınlar filogenetik bu kavram üstüne kuruludur ve okulumdaki araştırmacıların / hocaların yarıdan fazlası sistematikçidirler (filogenetiği kullanırlar). Evrim denen şeyi ne kadar iyi bildikleri çalışma alanlarına bakılırsa su götürmez bir gerçektir. Ancak bize anlatmaya bir türlü sıra gelmez.

Hocalarımın hiç birinden evrime inanmalarını beklemiyorum. Eğer böyle bir inanç gösterisinde bulunursalar dersin ortasında bu fikirle dalga geçecek kadar  korkusuz ve ukala olduğuma emin olabilirsiniz. Bu gibi inançlar dogmadan başka bir şey değildir ve bilimsel düşünceyi baltalar. Burada bir paradoks gözünüze çarpacak belki ama bilim söz konusu olduğunda hiç bir fikri peşinen kabul etmemek asla caymamanız gereken tek kabulünüz olmalıdır. Yoksa yaptığınız şey bilim olmaz. Sadece bilimsel yöntemleri kullanarak savınızı desteklemek için havalı çözümler üretmiş olursunuz o kadar. Sonuç bir buluş yada keşif değildir.

Dönem dönem dogmalara inanmış insan oğlunun nasıl da kendi kuyusunu kazdığına ilerleyen günlerde değinmeyi düşünüyorum. O zaman bugün aklınızdan geçen “ama bu başka” dediğiniz pek çok konuyu nasıl da tekrar gözden geçirmek gerektiğini anlayacaksınız diye umuyorum.

Din konusunda en ufak bir uzmanlığım yok. Aslında bilmem gerekenden az bildiğim pek çok konudan biri de dindir. Bu yüzden hiç bir zaman din konusuna girmeyeceğim. Ama açıktan belirtmeliyim ki evrim konusunda fikir veren birileri ile karşılaştığında o kişiyi baştan dinsiz sayan kimseler beni çok eğlendiriyor. Din saydıkları şeyden ne anladıklarını dinlemek isterim. Eğer onlardan biriyseniz bana ulaşmanın bir yolunu bulun lütfen. Sizi saatlerce dinleyebilirim hatta en ufak bir itirazda bulunmadan. İsterseniz sırf sizi biraz daha heyecanlandırmak için arada kafa sallayıp “hı hı” gibi sesler bile çıkarabilirim. Biraz eğlenmek istiyorum bu aralar.


 
Nis
25
    
Posted (serkan) in ben yaptım, biyoloji.org, biyoteknoloji on Nisan-25-2009

İki günlük ertelemenin ardından biraz daha insan içine çıkabilir hale geldi Biyoloji.org. Yanlız şuan geliştirme açısından çok erken dönemlerinden birinde. Zaten BETA diye etiketli farz etmek en doğrusu.

Bazı kısımlar görüntüleniyor ama açık değil. Bazı kısımlar var ki hiç ortaya çıkmadı. Ama şuan görünürde olan kısmın aslında planımda yazanların yirmide biri olduğunu söylemek gayet mümkün.

Bu sefer tasarımı ben yaptım. İE’den çektiğim kadar da hiç bir şeyden çekmedim.

Bir süre açıkda duran eksikleri kapatmak için kendime zaman tanıyıp geniş kitlelere duyurmayacağım. E-posta gruplarına haber bile yollamıyorum bir haftalığına. Çünkü şuan aslında çalışıyor olmasına rağmen template kısmı yazılmamış ya da kötü yazılmış çok büyük bir kısım var.

Kayıt olanların sadece tüm bunları göze alarak içeride vakit geçirmesini istiyorum bir hafta daha.

Bu arada 2.0 derken Web 2.0′ı kast etmiyorum. Elbette öyle olması güzel olurdu ama sadece eski projenin çöpe gittiğini temsil ediyor o 2.0.

Ek: Halen Türkçe olmayan kısımlar var. Bu yazılımın İngilizce geliştirilmesinin bir zorunluluk olmasından. Yerelleştirme konusu biraz gecikti. Bir haftaya halledebileceğimi umuyorum. Hatta aslında çok dilli bir yer olacak Biyoloji.org.


 
Nis
10
    
Posted (serkan) in biyoloji.org, biyoteknoloji on Nisan-10-2009

Planlarım şimdi olduğu gibi sürerse iki hafta sonra bu günlerde Biyoloji.org yeni haliyle yayında olacak. Uluslararasılaştırma kısmının ve birkaç sunmak istediğim özelliğin -23 Nisan günü- açılışta var olmama ihtimali var. Ama onlar da takip eden hafta içerisinde hayata geçebilecek türden. Kaldı ki bu gecikme de sadece bir ihtimal. Açılış tarihi olarak belirlediğim 23 Nisan 2009 halen çok gerçekçi görünüyor.

Neden bilmiyorum ama geçen yıl sözlük uygulaması için de 23 Nisan’a yetiştirmek için elimizden geleni yapmıştık. Çocuk bayramının üstümde sıra dışı bir etkisi var. Çok çocukça bir çalışma mı yapıyorum acaba? :)

Resmi blogda yayınladığım fotoğrafların ait olduğu sayfalarda ciddi değişiklikler oldu. Eskisinde CSS framewok olarak temel iskeleti BlueprintCSS oluştururken şuan YUI CSS en geniş hakimiyet alanına sahip. Aslında hiç umulmadık bir karar almak gerektiğinden buna mecbur kaldık. BlueprintCSS ile tasarımı yapan Cihan‘ın yeterli zaman ayıramayacağı ortaya çıkınca tasarım kısmını bu beceriksiz halimle devralmak zorunda kaldım.CSS frameworkler konusunda da bana en uyan YUI CSS zaten. Cihan’ın kodlarını miras alamadım ve sanırım şuan sadece en sondaki copyright metni ve birkaç CSS sınıfı dışında hepsini yeniden yazdım. Haliyle ciddi bir zaman kaybı oldu. En başta bahsettiğim olası gecikmelerin de temel sebebi bu zaten.

Özelliklerin küçük bir kısmı sadece ücret ödeyen kullanıcılara açık olacak. Yani bir çeşit premium hesap satmak gibi. Xing gibi aylık değil 3 – 6 aylık paketler tasarladım. (Bu kısımla ilgili tek satır kod yazmadım henüz.) Hatta bu ücretli hesapların var olmasındaki asıl amaç sınırsız analiz teklifi verme hakkı vermek istememden kaynaklanıyor. Bu durumda sahte hesaplarla sahte teklifler verilmesin diye yetkili hesap için para istemek akıllıca geldi. Ayrıca bu parayı sunucu masrafının bir kısmını karşılamakta kullanabileceğim düşünülürse epeyce gönülü olduğum ortaya çıkacaktır. Açılışta kullanımı teşfik için belli sayıdaki ilk gelene (mesela 100 kişiye) bu hesaplardan bedava 3 aylık süre ile verebilirim. Bu karar kesinleşirse de zaten servisin bloğunda haberdar ederim.

Biyoloji.org için en uygununun bir Cloud Computing servisi olduğunu düşünüyorum. Bunun için de elimde iki ciddi seçenek var. Bunlardan GoGrid‘i sıkı sıkıya deniyorum ve %90 ihtimalle onun üstünde yayına başlayacağım. Hatta GoGrid ile çalışmaya kesin karar verirsem bir inceleme yazısı yakındır. Yanlız hemen açılışta kullanmasam bile Amazon EC2&S3 servisi her an GoGrid’in ensesinde bekliyor olacak. Ölçek büyüdükçe Amazon’un şansı artıyor.

Cumartesi gününden itibaren ne yazık ki sınavlarım başlıyor. Yani aslında sadece bir haftam var. Bakalım neler çıkacak.